L'étudiant demanda en outre au Dr Usui si lui, en tant qu'enseignant de cette tradition, pouvait guérir comme Jésus le faisait. Mikao baissa la tête et répondit qu'il ne le pouvait pas.
Après sept ans de recherche, il découvrit des symboles servant à la guérison dans les Sutras du Lotus tibétain. Il avait trouvé les symboles, secrets de la guérison, mais la technique d'utilisation n'y figurait pas. Il ne savait pas quoi faire avec ces symboles, ni comment les utiliser. Il avait besoin d'être initié. Il revint donc chercher conseil auprès de son vieil ami, le moine Zen, et tenter de découvrir comment il pouvait être initié à cette science. Ils méditèrent ensemble sur la question et en vinrent à la conclusion que Mikao devait se rendre au sommet de la montagne sacrée, le mont Kuriyama, à quelques vingt-cinq kilomètres de Kyoto, pour y jeûner et méditer pendant vingt et un jours.
Mikao ramassa 21 pierres qui devaient lui servir de calendrier. Faisant face à l'est, il en jetait une à chaque lever du soleil. À l'aube du vingt et unième jour, avant le lever du soleil, il prit la dernière pierre dans ses mains. Réalisant que rien ne s'était passé encore, il se jeta à genoux en signe de désespoir, priant une dernière fois pour obtenir une réponse. Soudain, son attention fut attirée par un scintillement dans le ciel. Cette lumière semblait venir rapidement vers lui. Il prit peur et voulut s'enfuir mais songea que ce signe pouvait être la réponse qu'il cherchait depuis si longtemps. Prêt à tout, alors, même à risquer sa vie, sachant que cette lumière pouvait être assez puissante pour le détruire, il laissa courageusement la lumière le pénétrer par le centre de son front. Il perdit momentanément conscience et se crut mort.
Des millions de petites bulles de toutes les couleurs apparurent devant ses yeux, suivies d'une lumière blanche à travers laquelle apparaissaient d'autres bulles. Chacune d'elles contenait un symbole en sanskrit, tridimensionnel et de couleur dorée : les mêmes symboles qu'il avait trouvés dans les Sutras. Ces bulles se présentaient à lui une à une, afin de lui permettre de mémoriser leur contenu. Lorsqu'il revint à lui, il aperçut le soleil qui brillait très haut dans le ciel. Il réalisa qu'il avait été dans un état de transe pendant plusieurs heures. C'est ainsi que le Dr Usui fut initié aux enseignements complets; il connaissait dorénavant la signification des symboles et savait comment les utiliser. Il possédait désormais les secrets qu'il cherchait depuis si longtemps. Il savait maintenant que c'est la Force de Vie Universelle qui guérit. Il constitua ainsi le Système USUI pour l'harmonisation naturelle.