Le Reiki fut redécouvert vers 1850 par le Dr Mikao Usui, alors qu'il était moine et doyen du séminaire chrétien, à l'Université Doshisha de la ville de Kyoto au Japon. Très tôt dans son enfance, Mikao fut éduqué par des missionnaires chrétiens, admis dans le pays, suite à la réouverture des frontières japonaises aux étrangers. Mikao adopta la philosophie chrétienne et devint ministre et philosophe, enseignant la Bible aux adolescents. Or, un jour, l'un de ses élèves lui demanda s'il croyait aux enseignements de la Bible. Mikao répondit par l'affirmative. L'élève lui demanda alors s'il croyait vraiment que Jésus guérissait des malades et accomplissait des miracles, tel que l'enseigne la Bible chrétienne. Mikao répondit qu'il y croyait, bien sûr.
 
         

L'étudiant demanda en outre au Dr Usui si lui, en tant qu'enseignant de cette tradition, pouvait guérir comme Jésus le faisait. Mikao baissa la tête et répondit qu'il ne le pouvait pas.

Fidèle à son honneur de Japonais, le Dr Usui annonça à ses élèves qu'il partirait et parcourait le monde s'il le fallait, mais qu'il reviendrait leur donner la réponse et leur enseigner comment guérir. Le même jour, il quitta son poste et s'embarqua pour l'Amérique où il pourrait trouver des universités où l'on enseignait la théologie chrétienne. Il s'inscrivit à l'université de Chicago afin d'étudier les Écritures Saintes, mais comprit très rapidement qu'il ne cherchait pas au bon endroit. Il décida alors d'étudier toutes les grandes religions. Il se concentra surtout à étudier la tradition bouddhiste, sachant que Bouddha lui-même, ainsi que ses disciples, guérissait comme Jésus. Après sept ans en Amérique, il décida de rentrer chez lui, à Kyoto, où il pourrait étudier plus facilement les Sutras du Lotus bouddhiste japonais.
Au cours d'une visite dans un monastère, un moine Zen l'invita à rester afin d'étudier plus profondément les Sutras bouddistes. Il accepta et demeura sur place pendant plus de deux ans. Incapable de trouver quoi que ce soit dans la tradition japonaise, il résolut d'apprendre le chinois, vu que cette tradition venait de la Chine.   
 
Encore une fois, ses recherches demeurèrent vaines. Il avait tout de même le sentiment de se rapprocher de son but. Il décida d'apprendre le sanskrit pour aller à l'origine des Écritures et étudier les Sutras du Lotus tibétain. Il devient alors un maître du sanskrit et c'est, dans cette langue, qu'il trouva des indices. Afin d'en connaître encore davantage, il voyagea en Inde et dans les Himalayas. 
 

Après sept ans de recherche, il découvrit des symboles servant à la guérison dans les Sutras du Lotus tibétain. Il avait trouvé les symboles, secrets de la guérison, mais la technique d'utilisation n'y figurait pas. Il ne savait pas quoi faire avec ces symboles, ni comment les utiliser. Il avait besoin d'être initié. Il revint donc chercher conseil auprès de son vieil ami, le moine Zen, et tenter de découvrir comment il pouvait être initié à cette science. Ils méditèrent ensemble sur la question et en vinrent à la conclusion que Mikao devait se rendre au sommet de la montagne sacrée, le mont Kuriyama, à quelques vingt-cinq kilomètres de Kyoto, pour y jeûner et méditer pendant vingt et un jours.

Mikao ramassa 21 pierres qui devaient lui servir de calendrier. Faisant face à l'est, il en jetait une à chaque lever du soleil. À l'aube du vingt et unième jour, avant le lever du soleil, il prit la dernière pierre dans ses mains. Réalisant que rien ne s'était passé encore, il se jeta à genoux en signe de désespoir, priant une dernière fois pour obtenir une réponse. Soudain, son attention fut attirée par un scintillement dans le ciel. Cette lumière semblait venir rapidement vers lui. Il prit peur et voulut s'enfuir mais songea que ce signe pouvait être la réponse qu'il cherchait depuis si longtemps. Prêt à tout, alors, même à risquer sa vie, sachant que cette lumière pouvait être assez puissante pour le détruire, il laissa courageusement la lumière le pénétrer par le centre de son front. Il perdit momentanément conscience et se crut mort.

 Des millions de petites bulles de toutes les couleurs apparurent devant ses yeux, suivies d'une lumière blanche à travers laquelle apparaissaient d'autres bulles. Chacune d'elles contenait un symbole en sanskrit, tridimensionnel et de couleur dorée : les mêmes symboles qu'il avait trouvés dans les Sutras. Ces bulles se présentaient à lui une à une, afin de lui permettre de mémoriser leur contenu. Lorsqu'il revint à lui, il aperçut le soleil qui brillait très haut dans le ciel. Il réalisa qu'il avait été dans un état de transe pendant plusieurs heures. C'est ainsi que le Dr Usui fut initié aux enseignements complets; il connaissait dorénavant la signification des symboles et savait comment les utiliser. Il possédait désormais les secrets qu'il cherchait depuis si longtemps. Il savait maintenant que c'est la Force de Vie Universelle qui guérit. Il constitua ainsi le Système USUI pour l'harmonisation naturelle.

Après cette expérience, Mikao était rempli de gratitude et, revenu de sa transe, il sentit qu'il avait terriblement faim. En hâte, il dévala la montagne pour enfin raconter son expérience à son ami, le vieux moine Zen.
Dans sa hâte, il heurta une pierre et se foula un orteil ce qui fut très douloureux. Machinalement, il prit son orteil entre ses mains et songea à y appliquer sa nouvelle méthode : la guérison fut instantanée. Il eut dès lors la preuve de la véracité de sa vision. Ce fut la première manifestation, le premier «miracle». Continuant son chemin à la hâte, il s'arrêta pour manger dans une auberge et demanda un repas complet. L'aubergiste le regarda. Voyant que Mikao revenait d'un jeûne prolongé en constatant la longueur de sa barbe et ses vêtements tout poussiéreux, il hésitait à lui servir ce qu'il demandait. Il voulait plutôt lui servir quelque chose de plus léger. Mais Mikao insista et le repas commandé lui fut servi. Mikao le mangea en outre très rapidement. Même après un jeûne de vingt et un jours, il ne fut pas malade. Deuxième «miracle». Le repas lui fut apporté par la petite-fille de l'aubergiste. Elle souffrait d'un mal de dents. Le Dr Usui lui demanda la permission de toucher sa joue enflée et le mal la quitta immédiatement. Après quelques minutes, la joue était redevenue normale. Troisième «miracle». La fillette comprit qu'il n'était pas un moine ordinaire.
Mikao poursuivit son chemin jusqu'au monastère où il apprit que son vieil ami, le moine Zen, souffrait affreusement d'arthrite. Après avoir fait sa toilette, le Dr Usui se rendit auprès de son ami. Très heureux de le revoir et ayant appris la bonne nouvelle de la guérison, il fut traité lui-même avec succès.  



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